本校目前共有壽豐、美崙及屏東三個校區，其中屏東校區係與國立海洋生物博物館合作，並由其管轄，美崙校區為「東華創新研究園區」，以協助東部「創新產業聚落」發展，成為東部「產業創新走廊」的泉源。

壽豐校區面積251公頃校園寬廣，視野開闊，處於花東縱谷北端起點，夾峙在海岸山脈與中央山脈之間，校園外圍有花蓮溪、木瓜溪與荖溪環繞，此校地早期為河川沖積之礫石平原，以種植西瓜、甘蔗為主。

此校區依據「國立東華大學校園規劃與建築準則」（於84年11月8日，經校務會議通過）為座北朝南設計，惟中軸線由北略向西偏約20°而至南略向東偏約20°，以避免太陽東西向之直射。

校園內部規劃係以區域型態為主，並以大門、行政大樓、圖資大樓、學生活動中心及體育館所形成的中軸線分佈。最內圈為教學行政區，依圖書館為中心之中軸線，以東為理工、民族及環境學院相關建築為主，以西則分布人文社會、管理、教育與藝術等學院建築。外圍則為環繞著生活機能區，包括教職員生宿舍、各式運動設施及電力供應與污水處理設備等。

交通動線則以圍繞校區的外環道、教學行政區與生活機能區間的中環道，以及教學行政區中的內環道系統，作為區域間聯繫之孔道，教學行政區與生活機能區之間由一條河道連接三個湖區作為區隔，河道與湖區兼具景觀、雨水綜合引流與防洪之功能。

校區發展十餘年來基本上原則未變，各學院大致依原始設計發展準則之座落發展，校區建築物之至高點為圖書館塔樓（53公尺高），建築物高度除圖書館與行政大樓為六層樓建築物外，其餘均在四層以內，並約略以圖書館為軸心，向外校園外緣漸層降低。

校區內除了整體規劃的教學大樓、行政大樓、圖書館、學生宿舍等各棟建築外，其餘校地均保持綠帶及規劃完整的公共設施，以儘量不破壞原有的動、植物生態為目標，所以本校最有條件發展為自然生態的校園。

尤其本校更以東華三寶－野兔、環頸雉、清明草－自傲。創校之初野兔及田鼠眾多，隨著開發面積日廣，野兔日漸稀少，但仍在特定區域繁衍生存，環頸雉獲選為本校之吉祥物，每逢校內舉辦各項活動，環頸雉玩偶即會現身，校內環頸雉族群甚多，於清晨黃昏常見於草原丘覓食，清明草學名為台灣綬草，每當清明節前後，綻開可愛的小花，才看得見其蹤跡，平時不開花很難被發現，由於被號稱為窮人的人參，許多人採摘燉雞、泡酒、聽說可以補氣固筋骨，所以也是被列為珍稀植物予以保護。為了保護東華三寶，本校特別訂定校園內動植物未經允許不得任意採摘或捕捉的辦法，並置警告提示於校門入口處。

本校於2007年成立環境學院，整合相關系所為自然資源與環境學系，許多學有專精之生態、植被專家，隨時提供校園環境良好的見解，學生們也成立「從山自然人社」社團，為本校校園環境把關與盡其心力來保護。本校自1994年成立以來，每年均會在安排植樹活動，邀請附近社區居民、國小師生及本校幼稚園小朋友一起種下小樹苗，以綠化美化校園，迄今至少已種下數萬棵樹苗，對於本校校園的景觀甚有助益。

本校期許為營造一個良好的教學學習環境而努力，但更重要的是要延攬優秀的師資到東華任教，讓教師可以安心的教學、研究，學生能夠認真的努力學習，行政人員提供有效率的後勤支援，這才是一個大學念茲在茲的發展目標。因此當別人以優美的校園環境誇讚我們時，本校更在乎的是提供全校師生最優質的教學學習環境，讓師生能夠更用心安心的認真教學努力學習。